Cabe suponer que el Archivo de la Diputación corrió paralelo a la trayectoria de la institución provincial toledana. Al igual que todas las diputaciones provinciales sufrió los vaivenes políticos del siglo XIX: liberalismo-absolutismo. Como es sabido las diputaciones fueron creadas por la Constitución de 1812 y un segundo paso en su instalación lo constituyó el Decreto de 23 de junio de 1813, “aprobando la Instrucción para el gobierno económico-político de las provincias”. Aunque no se conservan actas de sesiones ni otra documentación producida por la Diputación de Toledo en esta etapa, ésta se instaló por primera vez el día 14 de agosto de 1813 como lo testimonia el llamamiento impreso dirigido por la Institución toledana “A los pueblos y ciudadanos de la provincia de Toledo” ese mismo día, después de su instalación, solicitando de sus habitantes su cooperación “en promover la prosperidad de la Provincia”.
Con el regreso de Fernando VII a España, en la primavera de 1814, fue abolida la Constitución de 1812 y toda la labor legislativa producida por las Cortes de Cádiz, desapareciendo por ello ese mismo año las diputaciones provinciales.[]
Durante el Trienio Liberal (1820-1823), Fernando VII se vio obligado a jurar la Constitución, restaurándose así nuevamente la normativa constitucional y lo que de ella emanó, entre otras disposiciones la instalación las diputaciones provinciales. En el Archivo de la Diputación de Toledo tampoco se conservan actas de las sesiones plenarias durante esos años, pero sí se custodian expedientes generados por la institución provincial entre los años 1820 y 1822, en el ejercicio de su función de tutela y control de municipios como su superior jerárquico, lo que confirma su actividad de gobierno y administración realizada en este periodo.
Con la vuelta al absolutismo en 1823, las diputaciones desaparecen nuevamente durante la denominada “Década Ominosa” (1823-1833), reapareciendo después de la muerte de Fernando VII por Real Decreto de 21 de septiembre de 1835, sobre el modo de constituir y formar las Diputaciones. En virtud de este decreto, la Diputación de Toledo se instaló definitivamente el día 3 de enero de 1836, año desde el que se custodian en el Archivo los libros de actas del Pleno de la Diputación, con alguna pequeña laguna entre ellos.
El Archivo debió ser una dependencia más de la Diputación Provincial, ubicada desde sus orígenes en el extinguido convento de los Jesuitas (actualmente Agencia Estatal de Administración Tributaria en Toledo), donde la institución provincial compartió edificio con otras instituciones también de ámbito provincial (Gobierno Civil de la Provincia, Consejo Provincial, etc.). Permaneció en este lugar hasta su traslado en 1898 al actual Palacio Provincial, edificio de nueva planta construido para albergar la institución provincial.
La Ley de 8 de enero de 1845, de Organización y Atribuciones de las Diputaciones Provinciales, en su artículo 51 establecía que “Todos los asuntos o expedientes en que deban entender las Diputaciones, se instruirán en las oficinas del Gobierno político de la provincia con la mayor puntualidad, y se tendrán preparados para cuando aquellas empiecen sus sesiones. A cargo del Archivero y dependientes de las mismas oficinas estarán, con la debida separación e índice particular, las actas y documentos de la Diputación”. De esto podemos suponer que, ostentando en esas fechas el cargo de Presidente de la Diputación el Gobernador Civil/Jefe Político y compartiendo espacio ambas instituciones, deberían compartir también el Archivo.
Las primeras referencias al cargo de Archivero de la provincia de Toledo las encontramos en 1858. Por R.O. de 15 de abril de 1858 fue nombrado Archivero del Gobierno de la provincia de Toledo Andrés Peironcely y González, cargo del que tomó posesión el 20 de abril de 1858. Cesó también por R.O. de 26 de junio de 1867 después de continuar sin interrupción en el desempeño de dicho destino desde el día que tomó posesión (ADPTO. Gobierno Civil de la provincia de Toledo, Caja H-114, nº 33). Por esta misma Real Orden es nombrarlo para reemplazarlo Gaspar Nieto y López, quien a su vez tomó posesión el día 8 de julio de 1867 (ADPTO. Gobierno Civil de la provincia de Toledo, Caja H-114, nº 31). Años después, el día 8 de julio de 1871, aparece nuevamente Andrés Peironcely firmando una Relación de Entrega de documentos al Archivo, en concepto de recepción de fondos (ADPTO, Caja 7972, nº 1).
Por otro lado, en el Presupuesto ordinario de la Diputación para el año económico 1871-1872, artículo 2º, Archivo y Depositaría, aprobado en sesión plenaria de 12 de mayo de 1871, se consigna un importe económico “para la plaza de archivero, cargo que se sacará a oposición, a fin de que el Archivo pueda responder a los fines deseados y se ordene con arreglo a los adelantos que la ciencia Diplomática ha hecho”. Tras la realización de la correspondiente oposición, obtuvo la plaza Luis Rodríguez Miguel, quien tomó posesión del cargo de Archivero de la Diputación, Gobierno y Beneficencia de Toledo, a mediados de 1872. De su paso por la Diputación es su obra publicada en Toledo, en 1877 con el título Manual del Archivero o sea teoría y práctica de arreglo y clasificación de los archivos de las Diputaciones, Beneficencia, Gobiernos de Provincia, Ayuntamientos, y Administraciones Económicas, considerada por algunos profesionales “como una sólida aportación intelectual a la ciencia archivística”[Rodríguez Clavel, J.R. “Los Archivos de Diputaciones Provinciales”, en Los Archivos de la Administración Local (Toledo, ANABAD Castilla-La Mancha, 1994, p.331)].
Desde ese año hasta la actualidad la Diputación ha contado con archivero provincial en su plantilla.